1年ほど前にマイクロソフト社の方針変更で話題になったものですが、今ごろになって書いてみます。
検索してみると、これについて論じているページはたくさん出てきます。
そもそもカタカナ表記はどうしても元の発音を表現できないので長音をつけてもつけなくても五十歩百歩(例えば、「カタカナ語の長音表記」について)という主張は、そのとおりだと思います。
例えば「コンピュータ」と「コンピューター」を(これが英語の computer のことだという知識があると難しいのですが、その発音を思い起こしてしまわないように注意しながら、単純に日本語のカタカナだと思って)発音して比べてみると、後者のほうが「タ」のアクセントが強くなります。たぶん私だけでなく一般的にそうだと言ってもいいと思います。英語ではありませんが、「イタリア語では長音を区別しないが、単語を単体で発音するとアクセント位置が長くなる（単子音の場合は顕著）ので」長音を使うとしている場合もあります。つまり逆に考えると、カタカナに長音があるとそこにアクセントが置かれやすいことの現れです。
私は素人なのでこれ以上詳しく述べることはできませんが、検索しても英語のカタカナ表記の長音とアクセントについて言及しているものがあまり多くは見つからないのは意外でした。
私自身は、五十歩百歩とはいえ少しでも隔たりの小さいほうがまし、という考えで、不要なアクセントを作ってしまう語末の長音には賛成しません。